Als die Stadt sich 1622/23 weigert, weitere kaiserliche Truppen einquartieren zu lassen, wird sie vom eigenen Landesherrn eingenommen und durch Entzug der städtischen Privilegien bestraft. Kurfürst Ferdinand nutzt die militärische Besetzung auch dazu, die Rekatholisierung durchzusetzen und die stark protestantisch orientierten Städte seines Fürstentums fester in seine Herrschaft einzubinden. Durch Ausweisung von 27 protestantischen Familien aus Rheine wird die Stadt des größten Teils ihrer Führungsschicht beraubt. Für die Selbstverwaltung bedeutet dies eine lang nachwirkende Katastrophe. Der Bischof allerdings erreicht sein Ziel, einen rein katholischen und ihm willfährigen Rat einzusetzen.

 

 

Kurz vor Ende des Dreißigjährigen Krieges wird Rheine im September 1647 von schwedischen und hessischen Truppen in Brand geschossen. Der verheerende Stadtbrand vernichtet fast die ganze Stadt. Die umliegenden Bauerschaften sind ohnehin von umherziehenden Truppen verwüstet und ausgeraubt. Auch im Siebenjährigen Krieg ist Rheine wieder von Einquartierungen und Kriegskontributionen betroffen.

Bei all diesen Schicksalsschlägen verwundert es nicht, dass die stetige Aufwärtsentwicklung der vorangegangenen Jahrhunderte im Dreißigjährigen Krieg endet. Wirtschaft und Bevölkerungsentwicklung erleiden Rückschläge und erholen sich nur sehr langsam. Die Einwohnerzahl des Kirchspiels Rheine (ohne Mesum) beträgt 1749 insgesamt 3131 Personen; von diesen wohnen in der Stadt Rheine 1783 und in den Bauerschaften 1348 Personen.

Trotz der Stagnation sind auch im 17. und 18. Jahrhunderte Fortschritte in einzelnen Bereichen festzustellen. Nach Ansiedlung des Franziskanerklosters erhält Rheine ein Gymnasium. Die Saline Gottesgabe wird zu einem für das 18. Jahrhundert modernen und effektiven Betrieb mit steigender Produktion ausgebaut. Die Zahl der in Rheine abgehaltenen Märkte steigt auf acht Termine im Jahr. Landschulen ermöglichen seit Ende des 18. Jahrhunderts auch auf dem Lande wenigstens ein Minimum an Schulbildung.

Grundlegende Veränderungen für Rheine werden Ende des 18. Jahrhunderts aber erst von außen bewirkt. Die Französische Revolution von 1789-1799 und die dadurch ausgelösten Kriege des revolutionären oder napoleonischen Frankreich gegen verschiedene Koalitionen der europäischen Staaten führen zur Neuordnung Europas. Die Auswirkungen des Reichsdeputationshauptschlusses von 1803, das Ende des Alten Reiches und damit auch des alten Fürstbistums Münster lassen auch für Rheine ein neues Zeitalter beginnen.